Dengan konsep dan tujuan di atas, maka Laboratorium Agama Masjid Sunan Kalijaga, sebagai salah satu pusat kajian di lingkungan UIN Sunan Kalijaga sudah semestinya memiliki peran strategis untuk mewujudkan visi dan misi besar UIN Sunan Kalijaga dengan turut serta berpartisipasi  mengisinya  dengan  berbagai  program  dan  kegiatan  yang  berorientasi  pada terwujudnya masyarakat yang toleran dan inklusif serta berdaya.

Mengiringi konsep Integrasi-Interkoneksi antara studi keislaman dan keilmuan yang diusung dalam visi UIN Sunan Kalijaga, Masjid Sunan Kalijaga difungsikan sebagai Laboratorium Agama. Artinya, Masjid Sunan Kalijaga didesain tidak semata-mata sebagai wahana tempat ibadah bagi civitas akademika dan warga sekitarnya, tetapi berfungsi juga sebagai pusat syi’ar, kajian, dan berbagai kegiatan keagamaan lainnya di kalangan UIN Sunan Kalijaga yang memberikan kontribusi secara signifikan bagi UIN Sunan Kalijaga, tanpa harus meninggalkan fungsi utamanya sebagai pusat kegiatan ibadah.

Sebagai pusat kajian Islam di UIN Sunan Kalijaga, pusat studi ini diharapkan mampu memasyarakatkan kajian-kajian Islam dengan perspektif yang lebih komprehensif, tidak partikular. Perspektif Islam yang komprehensif merupakan cara yang paling memungkinkan untuk memperkenalkan Islam yang toleran dan inklusif di atas, sehingga terhindar dan dapat menjauhkan masyarakat dari sikap dan perilaku yang mengarah pada kekerasan dan truth claim.

Kebutuhan untuk mensosialisasikan kajian Islam dalam perspektif Islam yang lebih komprehensif pada saat ini mendapatkan momentum yang tepat, terutama di tengah menguatnya radikalisme dan kekerasan di masyarakat yang ber-akar dari pemahaman agama yang parsial- partikular.  Dengan cara inilah setidaknya Laboratorium Agama Masjid Sunan Kalijaga berkontribusi dalam perbaikan hubungan antar masyarakat yang plural, baik ke dalam maupun ke luar. Kenyataan menunjukkan bahwa sikap dan cara berpikir masyarakat Indonesia tidak dapat dipisahkan dari pengaruh pemahaman agama. Oleh karena itu, untuk melihat permasalahan carut- marutnya relasi agama secara menyeluruh, diperlukan alat analisis berdasarkan faktor sosio- religius sebagai pendekatan.